股权结构是公司治理机制的基础，它决定了股东结构、股权集中程度以及大股东身份、导致股东行使权力的方式和效果有较大的区别，进而对公司治理模式的形成、运作及绩效有较大影响，换句话说股权结构与公司治理中的内部监督机制直接发生作用；同时，股权结构一方面在很大程度上受公司外部治理机制的影响，反过来，股权结构也对外部治理机制产生间接作用。
（一）股权结构对公司治理内部机制的影响
1、股权结构和股东大会
在控制权可竞争的股权结构模式中，剩余控制权和剩余索取权相互匹配，大股东就有动力去向经理层施加压力，促使其为实现公司价值最大化而努力；而在控制权不可竞争的股权结构模式中，剩余控制权和剩余索取权不相匹配，控制股东手中掌握的是廉价投票权，它既无压力也无动力去实施监控，而只会利用手中的权利去实现自己的私利。所以对一个股份制公司而言，不同的股权结构决定着股东是否能够积极主动地去实施其权利和承担其义务。
2、股权结构与董事会和监事会
股权结构在很大程度上决定了董事会的人选，在控制权可竞争的股权结构模式中，股东大会决定的董事会能够代表全体股东的利益；而在控制权不可竞争的股权结构模式中，由于占绝对控股地位的股东可以通过垄断董事会人选的决定权来获取对董事会的决定权。因而在此股权结构模式下，中小股东的利益将不能得到保障。股权结构对监事会影响也如此。
3、股权结构与经理层
股权结构对经理层的影响在于是否在经理层存在代理权的竞争。一般认为，股权结构过于分散易造成“内部人控制”，从而代理权竞争机制无法发挥监督作用；而在股权高度集中的情况下，经理层的任命被大股东所控制，从而也削弱了代理权的竞争性；相对而言，相对控股股东的存在比较有利于经理层在完全竞争的条件下进行更换。
总之在控制权可竞争的股权结构下，股东、董事（或监事）和经理层能各司其职，各行其能，形成健康的制衡关系，使公司治理的内部监控机制发挥出来；而在控制权不可竞争的股权结构下，则相反。
（二）股权结构对公司外部治理机制的影响
公司外部治理机制为内部治理机制得以有效运行增加了“防火墙”，但即使外部治理机制制订得再完善，如果股权结构畸形，公司外部治理机制也会形同虚设。但有被认为，很难说明公司内外部的治理机制谁是因，谁为果。比如，在立法形式上建立了一套外部市场治理机制，随着新股的不断增发或并购，股权结构可能出现过度分散或集中，就易造成公司管理层的“内部人控制”现象，使得公司控制权市场和职业经理人市场的外部市场治理机制无法发挥作用；另一个例子是，由于“内部人控制”现象，公司的经营者常常为了掩盖个人的私利而需要“花钱买意见”，这就会造成注册会计师在收益和风险的夹缝中进退维谷，使得外部社会治理机制也会被扭曲。